Integrasi transportasi umum merupakan elemen penting lainnya untuk mendorong penggunaan transportasi umum di Jakarta, integrasi ini membantu transfer antar moda lebih lancar dan mudah bagi pengguna. Integrasi transportasi umum telah dilakukan dalam beberapa dimensi: fasilitas fisik, layanan antarmoda, dan sistem pembayaran.

Dengan memusatkan hub transportasi dan menghubungkan semua transportasi berbasis rel, BRT, paratransit, dan fasilitas bersepeda di satu lokasi, pengguna dapat melakukan perjalanan melintasi Jakarta menggunakan beberapa alternatif secara mulus.

Kartu JakLingko adalah kartu transportasi yang dibayarkan untuk semua transportasi umum di Jakarta, memastikan semua orang dapat memiliki akses dan keterjangkauan untuk menggunakan transportasi umum.